找到了這裡發生的事情的答案，TL; DR：

刪除有問題的應用的隔離區，在我的情況下：

  sudo xattr -d -r -s com.apple.quarantine〜/ Library / PreferencePanes / PTHPasteboard.prefPane
 

顯然，在10.12（Sierra）中，Apple實現了一種稱為“ App Translocation”的東西，並記錄在“ OS X的新增功能”->“安全性和隱私增強”中：

從OS X v10.12開始，您不再可以在zip存檔或未簽名的磁盤映像中與代碼簽名的應用程序一起提供外部代碼或數據。在Mac App Store外部分發的應用在啟動時會從隨機路徑運行，因此無法訪問此類外部資源。

“ OS X代碼登錄深度”中有進一步的說明：

如果使用磁盤映像來交付應用程序，則用戶應將應用程序從 映像到所需的安裝位置（通常是/ Applications） 在啟動之前。這也適用於通過ZIP或 其他歸檔文件格式或下載到“下載”目錄中的應用程序： 要求用戶將應用程序拖動到/ Applications並從中啟動 在那裡。

這種做法可以避免在啟動經過有效簽名的應用程序後發動的攻擊 可以從磁盤映像，ZIP存檔或ISO（CD / DVD）映像加載 來自同一圖像上不受信任位置的惡意代碼或內容 或存檔。從macOS Sierra開始，運行新下載的應用程序 從磁盤映像，存檔或“下載”目錄中將導致 關守將應用隔離在未指定的只讀位置 文件系統。這將阻止該應用訪問代碼或 內容使用相對路徑。

有關更多信息，請參見此。

I非常感謝該文章的作者在此處指出的內容：

在什麼情況下會發生App Translocation？

首先，該應用程序必須具有com.apple.quarantine擴展屬性。如果 您刪除隔離區xattr，則App Translocation不會 發生，應用程序將從未存檔的位置啟動，例如 正常。

第二，必須由Launch Services打開該應用程序。這通常意味著 Finder，但例如也可以從終端打開。如果你 另一方面，直接從bash啟動應用程序可執行文件 不會發生易位。

第三，該應用程序一定不能被Finder移動。如果您移動 應用程序（使用Finder）從應用程序的原始未存檔位置 另一個文件夾，甚至是一個子文件夾，例如〜/ Downloads / Test /，然後是App 不會發生易位。

但是，如果您從終端使用mv移動應用，則應 易位仍然會發生。通常，您會從 〜/下載到/ Applications，這將導致該應用 從/ Applications正常啟動，但是 特定的文件夾似乎無關緊要。

僅使用Finder移動應用程序即可停止應用程序易位 從發生。確實，一旦移動了應用一次，它就不會 即使您再次移動應用程序，也可以再次體驗應用程序易位 回到〜/下載。